Nadat de Akatsuki de eerste zeven "Bijuu's" hebben, valt Pain, die inmiddels Jiraiya heeft vermoord Konoha aan. Pain slaagt erin om Konoha te vernielen, maar hij wordt later tegengehouden door Naruto. Naruto laat hem later ook inzien dat hij fout zat en Pain schenkt met zijn laatste krachten het leven terug aan alle slachtoffers die in Konoha zijn gevallen. Ook wordt duidelijk dat Pain de benaming is voor de zes lichamen van Nagato (exclusief het lichaam van Nagato zelf), een oud student van Jiraiya.
Later wordt duidelijk dat Akatsuki geleid wordt door Uchiha Obito, die alle Bijuus wilt verzamelen zodat hij de kracht van de "Juubi" (Tienstaart) kan krijgen, aangezien de Bijuu slechts fragmenten zijn van de gesplitste Juubi. Met deze kracht kan hij dan een Genjutsu via de maan op de gehele wereld plaatsen.Hij heeft dan al echter zeven Bijuus, en vraagt om de Kyuubi (in het lichaam van Naruto) en de Hachibi (achtstaart, in het lichaam van Killer Bee) aan de vijf Kages. Nadat hij Sasuke had gered die in elkaar was geslagen door de Raikage en de andere Kages. Madara, voorheen Tobi, verklaart de vierde Ninja-oorlog aan de vijf Kages en het land van IJzer (dat geen ninja's heeft, maar samurais). De vijf Kages en de samuraileider smeden vervolgens een pact (The allied Shinobi Force) waarin zij zweren om gezamenlijk tegen Madara te strijden, ook al heeft hij inmiddels de kracht van de zeven Bijuus en is hij zelf praktisch onverslaanbaar. Hoshigaki Kisame gaat vervolgens zelf achter Killer Bee aan. Later wordt Hoshigaki Kisame onthoofd door de Raikage en Killer Bee. Daarna gaat Uchiha Sasuke het gevecht aan met Danzo omdat hij wraak wilt nemen voor Itachi Uchiha. Danzo heeft inmiddels de seal van zijn arm gehaald; die vol zit met sharingans. Later Gaat Sakura achter Uchiha Sasuke aan. Sakura zegt dat zij mee wilt met Sasuke naar de duistere kant. Sasuke wilt dat ze het bewijst en gebaart dat zij Karin moet vermoorden. Maar ze doet het niet en Vervolgens wilt Uchiha Sasuke Haar vermoorden dan komen Naruto en Kakashi om haar te redden. Naruto en Sasuke gaan een kort gevecht aan waarin ze in staat zijn om elkaars gedachten te zien. Ze komen te weten dat als ze tegen elkaar vechten dat ze dan zullen sterven. Dan komt Madara aan en neemt hij Sasuke met zich mee. Op bevel van Tsunade gaat Naruto later naar een verlaten eiland om controle te kunnen krijgen over de Kyuubi. Hier wordt hij geholpen door Killer Bee (Jinchuriki van de Hachibi(Letterlijk: Acht staarten)). Naruto gaat dan een gevecht aan met de Kyuubi. Hier leert hij zijn moeder Kushina kennen, van wie een deel van haar chakra in Naruto verzegeld zat. Zij vertelt hem wat er zestien jaar geleden, wanneer de Kyuubi Konoha aanviel, gebeurde. Zij was de voormalige Jinchuriki van de Kyuubi, maar tijdens de bevalling verzwakte het zegel dat hem vasthield. Uchiha Madara wist daarvan en viel toen aan. Hij sloeg erin om de Kyuubi uit het lichaam van Kushina te halen en hij beheerste de Kyuubi met zijn Sharingan. Hierdoor was hij instaat om Konoha bijna te vernielen. Later zegelde Minato(de vierde Hokage en tevens de vader van Naruto) de Kyuubi in het lichaam van de pasgeboren Naruto. Nadat Kushina de waarheid had onthuld helpt ze Naruto om de Kyuubi te verslaan.
Uiteindelijk wint hij dat gevecht samen met de hulp van zijn moeder Kushina. Hierdoor krijgt Naruto toegang tot de volledige kracht van de Kyuubi. Na het verslaan van de Kyuubi Is de Oorlog begonnen (Fourth Great Shinobi War), maar Naruto zelf wist er niks van omdat hij volgens de 5 Kage niks ervan mocht weten want anders zou hij natuurlijk meteen meevechten maar de risico is te hoog dat Naruto wordt verslagen en dat Uchiha Madara de kyuubi in handen krijgt, Maar dit is Mislukt en Naruto komt later te weten dat er oorlog gaande is via zijn Sage Mode En vraagt aan hem beschermers wat er gebeurt. Nadat hij wist wat er gebeurt was wilde hem beschermers hem vangen omdat hij niet weg mocht gaan maar dat mislukte ook. Daarna Ontsnapte hij, later krijgt hij hulp van Killer bee om door de Barrier te komen, Dat lukte. Nadat hij uit de barrier was ontsnapt, werd hij al snel tegen gehouden door de Raikage en de Hokage, maar uiteindelijk wist Naruto de Hokage te overtuigen en liet ze hem door gaan. Op weg naar Kakashi en zijn troepen komen Naruto en Killer Bee in contact met een groep clonen van Zetsu die vermomd zijn als ninja's van de geallieerde troepen. Deze worden gemakkelijk uitgeschakeld. Daarna komen ze in contact met Itachi en Nagato, die met Edo Tensei zijn opgeroepen door Kabuto, in de hoop de Jinchurikii te bemachtigen zonder dat Tobi(obito) het weet. Itachi kan echter ontsnappen uit Edo Tensei en sealt Nagato, waarna hij weggaat om Edo Tensei te stoppen.
