De Vierde Hokage (Yondaime hokage) leefde in de herinnering voort als een held omdat het dorp voor eeuwig gered zou zijn van de Kyuubi. De mensen in het dorp waren gelukkig, op één na: Naruto. Niemand waardeerde hem ooit als een volwaardige jongen, of wilde zelfs maar zijn goede eigenschappen zien. Dit kwam doordat de inwoners wisten dat hij de Kyuubi bij zich droeg, het monster waaraan iedereen in het dorp wel een vriend of familielid had verloren. Een overeenkomst werd gesloten door de Derde Hokage (deze was Hokage geweest voor de aanstelling van de Vierde, en nam na zijn dood de plaats van Hokage weer in), wat inhield dat niemand, maar dan ook niemand mocht spreken over de Kyuubi in Naruto, omdat Naruto zelf van niets wist, en ook omdat de Hokage hoopte dat iedereen de Kyuubi zou vergeten. De kinderen van het dorp wisten daarom niet waarom Naruto zo gehaat werd door hun ouders, maar kopieerden hun gedrag. Het gevolg was dat Naruto opgroeide als wees, op zichzelf wonend, zonder vrienden of familie. Hij kon maar geen vrienden maken, dus zocht hij aandacht door misplaatste grappen te maken en kattenkwaad uit te halen. Dat veranderde echter snel nadat Naruto afgestudeerd was aan de Ninja Academy, overigens dankzij zijn "Kage Bunshin no Jutsu" (Shadow Clone Technique), waarmee hij zijn leraar, Umino Iruka, redde van de slechte ninja Mizuki. Vanaf die tijd leerde Naruto twee dingen: ten eerste dat Kyuubi in hem opgesloten zat, en ten tweede dat er toch iemand was die om hem gaf (zijn leraar Iruka). Deze vroege gebeurtenissen leiden tot de verdere gebeurtenissen uit de manga-anime.
Naruto is een combinatie van drama en komedie met veel actie. De animeserie volgt Naruto (samen met zijn vrienden) op zijn weg om zelf Hokage te worden. Naruto vindt twee vrienden en kameraden in Uchiha Sasuke en Haruno Sakura, twee ninja's van zijn leeftijd die ingedeeld zijn in een driemansteam, met Hatake Kakashi als "sensei" (mentor). Samen vormen zij het zogenoemde Team 7. Door het verhaal heen leert Naruto meer vrienden en "jutsus" (technieken) kennen om zijn droom, de volgende Hokage worden, te verwezenlijken.
Het verhaal begint echter pas echt tijdens het examen "Chuunin" (letterlijk: middelste ninja). Naruto, Sakura en Sasuke nemen eveneens deel aan dit examen. Tijdens een van de voorselecties van het examen komen de hoofdpersonages in contact met een van de belangrijkste antagonisten van de anime, Orochimaru. Hij is uit op de enorme potentiële kracht van Uchiha Sasuke, door diens "Sharingan" (letterlijk: rood oog), en op de vernietiging van Konoha. Tijdens een van de proeven komen Sasuke en Sakura in gevecht met Orochimaru, die zich voordoet als een "Sound Ninja". Hierbij bijt hij Sasuke in de nek waardoor deze het Vervloekte Zegel krijgt. Deze zegel geeft de drager enorm veel kracht, die bij Sasuke vrijkomt als hij zijn Sharingan gebruikt. Tijdens het eigenlijke examen vermomd Orochimaru zich als de Kazekage (letterlijk: windschaduw) en voert een verrassingsaanval uit op Konoha. Hierbij vecht hij met zijn oude leermeester, de Derde Hokage Sarutobi. Sarutobi verliest zijn leven tijdens het gevecht, doch net voor hij sterft slaagt hij erin met een verboden techniek Orochimarus vaardigheden te verzegelen. Na zijn dood gaat Naruto samen met Jiraiya op zoek naar Tsunade om de plaats van Vijfde Hokage in te nemen. Orochimaru slaagt er uiteindelijk in Sasuke ertoe te verleiden zich bij hem aan te sluiten. Sasuke verlaat Konoha uit een drang naar onbegrensde kracht. Deze heeft hij nodig om zijn broer Uchiha Itachi te kunnen vermoorden, omdat hij, toen Sasuke nog jong was, de hele familie Uchiha heeft uitgemoord, behalve Sasuke zelf. Zijn broer deed dit omdat geheime organisaties bang waren dat de familie Uchiha met hun Sharingan te sterk zouden worden en een gevaar zouden kunnen vormen voor Konoha. Na het uitmoorden van de familie Uchiha behalve ze broertje Sasuke sluit Itachi zich aan bij Akatsuki (letterlijk: ochtend) met de bedoeling zicht te kunnen houden op Konoha, wat afwijkt van het hoofddoel van Akatsuki. Doorlopend door de anime proberen Naruto en Sakura samen met hun vrienden Sasuke te vinden en hem naar Konoha terug te brengen.
