DNAngel volgt de avonturen van Daisuke Niwa , een gemiddelde tiener. Bij de opening van het verhaal, Daisuke verklaart liefde voor zijn verbrijzeling, een meisje genaamd Risa Harada , op zijn veertiende verjaardag. Zij hem afwijst, en later die dag, het hart-gebroken Daisuke ondergaat een vreemde mutatie die hem verandert in een andere persoon. Hij wordt rustig verteld door zijn moeder Emiko dat, als gevolg van een vreemde genetische aandoening, alle mannen in Daisuke's familie krijgen het gelaat van Dark Mousy , een beroemde fantoom dief. De transformatie gebeurt elke keer Daisuke heeft romantische gevoelens voor zijn verpletteren of wanneer hij denkt te lang over haar. Donker verandert terug in Daisuke op dezelfde manier. Daisuke wordt gedwongen om zijn familie geheim te houden en te controleren zijn alter ego, Dark (die Risa, Daisuke's verpletteren, is gevallen voor), terwijl de onstuimige zijn weg uit door de commandant van de politie worden gevangen. Daisuke leert dat om terug te keren naar de normaliteit, moet hij zijn onbeantwoorde liefde terug.
De hiervoor genoemde commandant van de politie is een klasgenoot van Daisuke's genaamd Satoshi Hiwatari . Hiwatari lijdt onder zijn eigen versie van de fantoom-dief vloek, en een band vormen tussen Hiwatari en Daisuke wegens hun gelijkaardige aandoeningen. Hiwatari draagt het alter-ego genaamd Krad . Echter, hoewel Donker en Krad haten elkaar, Hiwatari en Daisuke onderhouden een gespannen maar echte vriendschap, ondanks de constante gekreun Dark's. Donkere steelt bepaalde artistieke voorwerpen van waarde, werkt gemaakt door Satoshi's voorouders, omdat ze gevaarlijke magische eigenschappen bevatten. Sommigen van hen, zoals "The Second Hand of Time" en "Argentijnse" hebben ook persoonlijkheden van hun eigen land. Sommige objecten die steelt vrij gevaarlijk. Methode van het stelen donker is gebaseerd op het vergaren van aandacht, voordat het stelen, zal Emiko sturen een waarschuwing van wat er zal worden gestolen.
